Años después de que un antiguo mal fuera rescatado de las profundidades del mar, Joutarou Kuujou permanece tranquilamente en una celda japonesa. No ha cometido ningún crimen, pero exige que no lo liberen, creyendo que está poseído por un espíritu maligno capaz de dañar a quienes lo rodean. Preocupada por su hijo, Holy Kuujou le pide a su padre, Joseph Joestar, que convenza a Joutarou de que abandone la prisión. Joseph le informa a su nieto que el "espíritu maligno" es en realidad algo llamado "Stand", la manifestación física del espíritu de lucha de uno que puede adoptar diversas formas mortales. Después de una feroz pelea con el amigo de Joseph, Muhammad Avdol, Joutarou es obligado a salir de su celda y comienza a aprender a controlar el poder de su Stand.
Sin embargo, cuando un Stand despierta dentro de Holy y amenaza con consumirla en 50 días, Joutarou, su abuelo y sus aliados deben buscar y destruir al vampiro inmortal responsable de su condición. Deben viajar hasta El Cairo, Egipto, y en el camino, luchar contra feroces usuarios de Stand que intentan frustrarlos. Si Joutarou y sus aliados fracasan en su misión, la humanidad está destinada a un destino sombrío.
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