Shinji Ikari queda emocionalmente en coma tras la muerte de un querido amigo. Con su hijo mentalmente incapaz de pilotar el robot humanoide Evangelion Unidad-01, Gendou Ikari de NERV compite contra la organización sombra SEELE para ver quién puede ejecutar primero su plan final. SEELE desea crear un ser divino fusionando sus almas en una unidad Evangelion, mientras que Gendou quiere revertir a toda la humanidad en un ser primordial para reunirse con Yui, su esposa fallecida. SEELE desata sus fuerzas militares en una invasión letal del cuartel general de NERV. Mientras las fuerzas de SEELE eliminan a los científicos y al personal de seguridad de NERV, Asuka Langley Souryuu pilota la Evangelion Unidad-02 en una desesperada última resistencia contra el armamento más pesado de SEELE. La batalla continúa y un Shinji deprimido se esconde en lo profundo del cuartel general de NERV. Con el destino del mundo en manos de Shinji, la capitana Misato Katsuragi busca al adolescente mientras la sociedad se desmorona a su alrededor. [Escrito por MAL Rewrite]