El año es 2006, y los pasillos de la Escuela Secundaria de Jujutsu de Tokio resuenan con las interminables discusiones y debates intensos entre dos amigos inseparables. Desbordando una confianza inquebrantable, Satoru Gojou y Suguru Getou creen que no hay desafío demasiado grande para jóvenes y poderosos hechiceros de Grado Especial como ellos. Se les encomienda la tarea de escoltar a una chica sensata llamada Riko Amanai hasta la entidad cuya existencia es la esencia misma del mundo del jujutsu. Sin embargo, la misión los sumerge en un agotador torbellino de conflictos morales que amenaza con destruir la ya débil amistad entre hechiceros y humanos comunes.
Doce años después, los estudiantes y hechiceros son la primera línea de defensa contra el creciente número de maldiciones de alto nivel nacidas de las emociones negativas humanas. A medida que las entidades ganan poder, también aumentan su autoconciencia y ambición. Las maldiciones se unen con el objetivo común de erradicar a los humanos y crear un mundo de solo usuarios de energía maldita, lideradas por un peligroso espíritu maldito antiguo. Para deshacerse de su mayor obstáculo—el hechicero más fuerte, Gojou—orquestan un ataque en la estación de Shibuya en Halloween. Dividiéndose en equipos, los hechiceros entran en la batalla preparados para arriesgarlo todo para proteger a los inocentes y a los suyos.