Ha pasado un año desde la Rebelión Negra, un levantamiento fallido contra el Sagrado Imperio Britanniano liderado por el justiciero enmascarado Zero, quien ahora está desaparecido. Sin su líder revolucionario, el grupo de resistencia del Área 11—los Caballeros Negros—se sienten impotentes para combatir la brutalidad infligida a los Eleven por Britannia, la cual ha aumentado significativamente para aplastar cualquier esperanza de una futura revuelta.
Lelouch Lamperouge, habiendo perdido toda memoria de su doble vida, vive pacíficamente junto a sus amigos como estudiante de secundaria en la Academia Ashford. Su antigua compañera C.C., incapaz de aceptar esta situación, se toma la tarea de recordarle su propósito pasado, esperando que el cerebro Zero se levante una vez más para terminar lo que comenzó.
[Escrito por MAL Rewrite]