Durante los últimos tres años, la escuela secundaria Teikou ha dominado la escena nacional de baloncesto con su legendaria alineación: la "Generación de los Milagros". Estaba compuesta por cinco prodigios que sobresalían en el deporte, pero un "Sexto Hombre Fantasma" acechaba en las sombras y ayudó a que el equipo ganara su estatus venerado. Eventualmente, su monstruoso crecimiento los cansó del deporte que amaban y los llevó a separarse en la preparatoria.
En busca de nuevos miembros, el equipo de baloncesto de la preparatoria Seirin recluta a Taiga Kagami y Tetsuya Kuroko, dos estudiantes de primer año que parecen tener diferencias significativas en habilidades. Habiendo regresado recientemente de Estados Unidos, Kagami posee tanto una aptitud natural como un amor implacable por el deporte. Mientras tanto, Kuroko carece de presencia y no muestra un talento atlético sobresaliente. Sin embargo, más tarde se revela que él es el Sexto Hombre Fantasma de Teikou—el jugador que una vez formó parte de la Generación de los Milagros.
Kuroko quiere demostrar al equipo de Seirin que es fuerte a su manera. Al ver su convicción, Kagami forma una asociación dinámica con Kuroko, quien promete apoyar la "luz" de Kagami como su "sombra". Junto con sus nuevos compañeros de Seirin, se proponen conquistar el próximo campeonato Interhigh, pero la reaparición de los excompañeros de Kuroko complica su plan.