En un mundo postapocalíptico, el último asentamiento humano en Japón es la fuertemente fortificada ciudad de Tokio-3. Shinji Ikari, de catorce años, es llevado al cuartel general de NERV, una organización subterránea dirigida por su distante padre, Gendou. Él pide que Shinji se convierta en piloto de un "Evangelion", un androide colosal construido para luchar contra criaturas alienígenas monstruosas y destructivas conocidas como "Ángeles" que causan estragos en el planeta y amenazan la supervivencia de la raza humana restante.
Aunque inicialmente reacio, Shinji se deja convencer por la idea de reconciliarse con su padre y acepta ayudar en la peligrosa empresa de la humanidad contra su amenaza alienígena, como piloto de la Unidad Evangelion-01. Lanzado en medio de un campo de batalla peligroso, Shinji debe encontrar el coraje y la determinación necesarios para enfrentar las incursiones de los Ángeles antes de que sea demasiado tarde.
[Escrito por MAL Rewrite]