Quince años después de un evento cataclísmico conocido como el Segundo Impacto, el mundo se enfrenta a una nueva amenaza: seres celestiales monstruosos llamados Ángeles invaden Tokio-3 uno tras otro. La humanidad es incapaz de defenderse de los Ángeles a pesar de utilizar sus municiones y tácticas militares más avanzadas. La única esperanza de salvación para la humanidad recae en manos de NERV, una misteriosa organización liderada por el frío Gendou Ikari. NERV opera robots humanoides gigantes llamados 'Evangelions' para combatir a los Ángeles con armamento de última generación y barreras protectoras conocidas como Campos de Terror Absoluto.
Años después de ser abandonado por su padre, Shinji Ikari, el hijo de 14 años de Gendou, regresa a Tokio-3. Shinji libra una batalla interna perpetua contra el trauma profundamente enterrado causado por la pérdida de su madre y el abandono emocional que sufrió a manos de su padre. Aterrorizado de abrirse a otro, la vida de Shinji cambia para siempre al conocer a Misato Katsuragi, de 29 años, una oficial de alto rango de NERV que le muestra una bondad maternal de espíritu libre que nunca había experimentado.
Un devastador ataque de un Ángel obliga a Shinji a actuar mientras Gendou revela su verdadera motivación para invitar a su hijo de vuelta