夏休みが明け、名門・椚ヶ丘中学校の3年E組の生徒たちは、絶望的な状況に直面する。世界消滅の可能性に直面した彼らは、狡猾でありながらも楽観的で助けになる殺せんせーを倒すため、ますます精巧で創造的な方法を考え出さなければならない。しかし、殺せんせーを排除することだけが生徒たちの目標ではない。学園の無慈悲で残酷な理事長・浅野学峰は、他の勤勉な生徒たちを無慈悲な競争主義の勉強マシーンに洗脳し、3年E組の成功を妨害しようとしている。裏切り者や殺し屋たちが殺せんせーの首に懸けられた賞金を狙う中、空気には敵意が漂い始める。3年E組で最も優れた暗殺者の一人である潮田渚は、その紛争の渦中にいる。学業成績を維持し世界の終焉を防ぐために努力する一方、家庭の問題が彼の3年E組での立場を危うくする。献身的なクラスメートたちと共に、彼は今、脅威に正面から立ち向かわなければならない。【MAL Rewriteによる】