古の邪悪が海底から引き揚げられてから数年後、空条承太郎は日本の刑務所に静かに座っています。彼は何の罪も犯していないのに、自分を解放しないよう要求している。自分の周りの人に害を及ぼす悪霊に取り憑かれていると信じているからだ。息子を心配したホリィ空条は、父であるジョセフ・ジョースターに承太郎を刑務所から出させるよう頼む。ジョセフは孫に、その「悪霊」は実は「スタンド」と呼ばれるものだと説明する。それは自分の戦闘精神の具現化であり、様々な致命的な形態をとることができる。ジョセフの友人ムハンマド・アヴドゥルとの激しい格闘の後、承太郎は牢屋から追い出され、自分のスタンドの力を制御する方法を学び始める。
しかし、ホリィの体内でスタンドが覚醒し、50日以内に彼女を蝕むと脅かされたため、承太郎、祖父、そして仲間たちは彼女の状態を引き起こした不死の吸血鬼を探し出し、倒さなければならない。彼らは世界の半分を旅してエジプトのカイロへ向かい、その途中で彼らを阻もうとする凶暴なスタンド使いと戦う。もし承太郎たちが使命に失敗すれば、人類は過酷な運命を迎えることになる。
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