親友の死により、感情的に昏睡状態に陥った碇シンジ。息子が人型ロボット・エヴァンゲリオン初号機を操縦できない精神状態にある中、碇ゲンドウ率いるNERVは、影の組織・ゼーレと対峙し、誰が先に究極の計画を実行するかを競い合う。ゼーレは自らの魂をエヴァンゲリオンに融合させることで神のような存在を創り出そうとし、ゲンドウは全人類を一つの原初的な存在に還元し、亡き妻・ユイと再会することを望む。ゼーレは軍事力を投入し、NERV本部への致命的な侵攻を開始。ゼーレの戦力がNERVの科学者や警備員を次々と倒す中、惣流・アスカ・ラングレーはエヴァンゲリオン弐号機に乗り込み、ゼーレの最重火器に対して絶望的な最後の抵抗を試みる。戦闘が激化する中、塞ぎ込んだシンジはNERV本部の奥深くに隠れている。世界の命運がシンジの手に委ねられる中、葛城ミサト艦長は崩れゆく社会の中で少年を探し求める。[MAL Rewriteより]