遠い未来、人類は巨大な獣クラクソサウルスによって絶滅の危機に追いやられ、生き残った人々はプランテーションと呼ばれる巨大な要塞都市に避難していました。そこで育った子供たちは、少年と少女がペアになってフランキスと呼ばれる巨大メカを操縦する訓練を受けています。操縦士になることだけを目的に生まれた彼らは、外界について何も知らず、自分たちの種族を守ることでのみ存在を証明できるのです。
フランキスの操縦士を目指すヒロは、適性試験に落ちてから意欲と自信を失っていました。卒業式を抜け出して森の中の湖に退却したヒロは、頭から2本の角が生えた謎の少女に出会います。彼女はコードネーム「ゼロツー」と名乗りますが、その名は「パートナーキラー」として知られる悪名高いフランキス操縦士のものでした。ヒロがその遭遇を消化する間もなく、プランテーションは突然のクラクソサウルスの襲撃に見舞われます。ゼロツーは自分のフランキスで獣に立ち向かいますが、戦闘で大破し、ヒロの近くに墜落します。相棒の死を目の当たりにしたゼロツーは、ヒロに一緒にメカを操縦するよう誘い、二人は続く戦いで容易にクラクソサウルスを倒します。新しいパートナーを得たヒロは、過去の失敗を取り戻す機会を与えられましたが、その代償は何なのでしょうか?【出典:MAL Rewrite】