アビス―大地の深くに口を開けた巨大な縦穴。そこには古の遺物や不思議な生物が息づく。どのようにして生まれたのか?底には何があるのか?数多くの勇敢な探窟家たちがその謎を解くために、恐怖に屈せず深き闇へと降りていく。彼らの中でも最も優れた白笛は、地上に残る者たちから伝説として崇められている。行方不明となった白笛「殲滅卿ライザ」の娘リコは、母のようにアビスの最果てを探検することを夢見る。しかし彼女はまだ駆け出しの赤笛であり、最上層のみを探索することを許されている。そんなある日、リコは普通の少年の姿をした謎のロボットと偶然出会う。彼をレグと名付け、彼は発見以前の記憶を一切持っていなかった。レグを作り出した技術はアビスの深部から来たと確信した二人は、彼の記憶を取り戻し、自らの目で大穴の底を見るためにアビスへの冒険を決意する。だが彼らは、アビスの真の姿が過酷な現実であることを知る由もなかった。