仮面の自警団ゼロが率いる神聖ブリタニア帝国に対する失敗した蜂起である黒の反乱から一年が経過し、ゼロは行方不明となっている。革命的なリーダーを失ったエリア11のレジスタンスグループ―黒の騎士団―は、ブリタニアがエレブンに対して行う残虐行為に立ち向かう力がないことに気づく。その残虐行為は、将来の反乱の希望を打ち砕くために大幅に強化されている。
二重生活の記憶をすべて失ったルルーシュ・ランペルージは、アッシュフォード学園で友人たちと共に高校生として平穏に暮らしている。元パートナーのC.C.はこの事態を受け入れられず、彼に過去の目的を思い出させるために自ら行動する。黒幕ゼロが再び立ち上がり、始めたことを完遂することを願って。
[MAL Rewrite 記]