公理教会の教皇クィネラを倒したものの、事態はまだ収束していない。現実世界との接触により、桐ヶ谷和人(キリト)はラースが管理するメガフロート「オーシャン・タートル」が襲撃されたことを知る。襲撃者による突然のショートにより、キリトのフラクトライトは損傷し、昏睡状態に陥ってしまう。公理教会の人々に不安を感じたアリスは、許されざる罪による追放を無視し、意識を取り戻さないキリトを故郷のルーリッド村へ連れ戻す。今、アリスは村の近くで平穏な日常を送り、キリトの目覚めを願っている。しかし、闇の領域がすでに人類帝国への侵攻を開始していることに気づいたアリスは悲劇に見舞われる。かつての異名である「アリス・シンセシス・サーティ」を再び名乗り、キリトとユージオが必死に守ろうとした世界を守るため、闇の領域を倒すことを誓う。