ソードアート・オンラインから脱出して1年、桐ヶ谷和人は現実世界に戻り、穏やかな日々を過ごしていた。しかし、新たな事件が彼の平和を打ち破る。それはガンゲイル・オンラインというゲーム内で、デス・ガンと名乗るプレイヤーが、ゲーム内で射殺することで現実世界の人々を殺しているというものだった。関係者から捜査協力を要請された和人は、再びキリトとしての姿をとり、ガンゲイル・オンラインにログイン。殺人鬼を阻止すべく行動を開始する。ゲーム内で出会ったのは、過去のトラウマに悩む凄腕スナイパー、シノン。彼女はやがてキリトのデス・ガン追跡に巻き込まれ、二人は標的が確実に現れるトーナメント「バレット・オブ・バレッツ」に参加する。デス・ガンの真の力は未知数の中、キリトとシノンは新たな犠牲者が出る前に彼を止めようと奔走する。しかし、過去の傷跡が二人の行く手を阻む。次の標的は自分たちかもしれないという緊張感の中、キリトは再び仮想世界に命を懸ける。[Written by MAL Rewrite]