ソウル・トランスレーターは、人間の魂に相当するフラクトライトと対話する最先端の完全没入型インターフェースであり、脳に信号を送る従来の方法とは根本的に異なる。私立研究所ラースは、ソードアート・オンラインの生存者である桐ヶ谷和人を協力させて、その完成を目指している。彼はそこでパートタイム従業員として働き、システムの能力をアンダーワールド、すなわちソウル・トランスレーターが生成した幻想的な領域でテストしている。秘密保持契約により、機械が仮想世界で作った記憶は現実世界に戻ると消去される。和人はかすかにただ一つの名前、アリスだけを思い出せるが、その名前が現実で口にされると不安を引き起こす。
ある夕方、和人が結城明日奈を自宅に送る途中、見覚えのある敵に出くわす。和人はその後の戦いで致命傷を負い、意識を失う。目を覚ますと、彼は何の逃げ道もなくアンダーワールドに完全没入していることを発見する。彼は再び現実世界に戻る方法を求めて旅に出る。
[Written by MAL Rewrite]