聖杯戦争」――七人の魔術師(マスター)と使い魔(サーヴァント)が、あらゆる願いを叶える聖杯を巡って繰り広げる殺し合い。約10年前、第四次聖杯戦争の最終決戦は冬木市に甚大な被害をもたらし、500人以上の命を奪い、街は壊滅した。
その悲劇の生き残りである衛宮士郎は、救助者であり養父でもある衛宮切嗣のように正義の味方を目指している。ただの学生である士郎は、学校でサーヴァント同士の戦いを偶然目撃し、自らのサーヴァント・セイバーを召喚したことで第五次聖杯戦争に巻き込まれる。
冬木市で謎の影が殺人を繰り返し始めたとき、士郎は多くの人の死を防ぐため、同じ聖杯戦争の参加者である遠坂凛と手を組む。しかし、親友である間桐桜への想いから、士郎は聖杯戦争と対立する家々を取り巻く暗い秘密へとさらに深く踏み込んでいく。
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