エルリック家で恐ろしい錬金術実験が失敗した後、兄弟のエドワードとアルフォンスは破滅的な現実に置き去りにされる。人間錬成を禁じる錬金術の原則を無視し、二人は最近亡くなった母親を生き返らせようとした。代わりに、彼らは残酷な個人的損失を被った。アルフォンスの体は崩壊し、エドワードは片足を失い、さらにアルフォンスの魂を物理世界に留めるために、巨大な鎧に魂を縛り付ける代償として片腕を犠牲にした。兄弟は隣人のピナコ・ロックベルとその孫娘ウィンリィに救出される。生体機械工学の天才として知られるウィンリィは、ロボットや戦闘鎧に使われる頑丈で多用途な金属「オートメイル」を利用して、エドワードの義肢を作成する。長年の訓練の後、エルリック兄弟は錬金術師が等価交換の伝統的な法則を覆すことを可能にする強力な宝石「賢者の石」を見つけ出すことで、自分たちの体を取り戻す旅に出る。エドワードが悪名高い錬金術師となり「鋼」の異名を得るにつれ、兄弟の旅は世界の運命を脅かす巨大な陰謀に巻き込まれていく。
[文:MAL Rewrite]