第四次忍界大戦終結から2年。木ノ葉隠れの里は平和と調和の状態にあった。しかし、六代目火影・はたけカカシが月が危険なほど地球に接近し、惑星崩壊の脅威をもたらしていることに気づく。
その重大な試練の中、木ノ葉は新たな悪・大筒木トネリに侵略され、彼は突然、日向ヒナタの妹・ハナビを誘拐する。カカシは、うずまきナルト、春野サクラ、奈良シカマル、サイ、ヒナタからなる精鋭忍者チームを派遣し、トネリの邪悪な手からハナビを救出しようとする。しかし、任務中、チームは彼らの努力を挫折させるいくつかの障害に直面する。
ハナビの誘拐により、チームメンバー間の関係が試され、世界が破滅の瀬戸際に立つ中、彼らは惑星の安全を確保するため時間と競争しなければならない。一方、戦いが続く中、ナルトは彼がこれまで想像したことのないもの―愛のために戦うことを強いられる。
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