時は1999年。普段は静かで平和な町・杜王町が、最近奇妙な活動の温床となっている。海洋生物学者となった空条承太郎は、謎の町に向かい東方仗助と出会う。二人は一見他人のようだが、仗助は承太郎の祖父・ジョセフ・ジョースターの隠し子だった。出会った時、承太郎は仗助と血縁以上の共通点があることに気づく。温厚な広瀬康一と賑やかな虹村億泰と共に、一行は杜王町で最近発生している失踪事件やその他の怪しい出来事の調査に専念する。スタンドの力に助けられ、4人の男たちは街角ごとに危険に直面する。次の事件が起こる前に、町の秘密を解き明かすのは彼ら次第なのだ。 [Written by MAL Rewrite]