1年間のアメリカ滞在を終え、秋葉原に戻ってきた牧瀬紅莉栖は、岡部倫太郎との再会を果たす。しかし、その再会も束の間、岡部はタイムトラベルの副作用として他の時間線のフラッシュバックを繰り返し経験し始める。やがてその副作用は岡部が突然世界から消え去るという事態に発展し、動揺した紅莉栖だけが彼の存在を記憶していた。絶望の中、紅莉栖は科学者としての責務と友人への忠誠心が試される真に困難な選択に直面する。岡部の助言に従い、時間線への影響を避けるためにタイムトラベルから遠ざかるか、それとも無視して最も大切な人を救うか。彼女の選択は、過去、現在、未来に影響を及ぼすことになる。