CCGによるアンテイク襲撃から2年が経過した。CCGの影響力が増大したことで東京の雰囲気は一変したが、喰種たちは警戒を強め、特にテロ組織「アオギリの樹」はCCGの脅威を認識し、依然として問題を引き起こしている。
特別チーム「クインクス班」の創設は、CCGに東京の望まれざる住人を駆逐するための後押しとなるかもしれない。喰種の特殊能力を利用するための手術を受けた人間である彼らは、危険な生物を根絶する作戦に参加する。このグループのリーダーである佐々木琲世は、半喰種・半人間であり、名高い特等捜査官・有馬貴将によって訓練を受けてきた。しかし、この青年には見た目以上のものがあり、未知の記憶が彼の心をかき乱し、かつての自分をゆっくりと思い出させていく。
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