終末後の世界で、日本最後の人間の居住地は厳重に要塞化された都市トウキョウ-3です。14歳の碇シンジは、疎遠の父親であるゲンドウが率いる地下組織NERVの本部に連れてこられます。彼はシンジに、「エヴァンゲリオン」と呼ばれる巨大な人造人間のパイロットになるよう要請します。このエヴァンゲリオンは、「使徒」として知られる怪物的で破壊的な異星生物と戦うために作られたもので、彼らは地球に大混乱をもたらし、残された人類の生存を脅かしています。
最初は気が進まなかったものの、シンジは父親との和解の可能性に心を動かされ、エヴァンゲリオン初号機のパイロットとして、人類の危険な異星脅威への挑戦に加わることに同意します。危険な戦場の真只中に放り込まれたシンジは、手遅れになる前に使徒の侵攻に立ち向かうために必要な勇気と決意を見つけなければなりません。
[MAL Rewrite 執筆]