何世紀も前、人類は巨人と呼ばれる人型の怪物によって絶滅寸前にまで追い込まれ、人々は巨大な同心円状の壁の背後に隠れて恐怖に震えることを余儀なくされた。これらの巨人が本当に恐ろしいのは、人肉を食べる欲求が空腹からではなく、喜びから来ているように見えることである。生存を確実にするために、人類の残存者たちは防御壁の中で生活し始め、その結果、100年間巨人との遭遇は一度もなかった。しかし、その脆い平穏は、超大型巨人が破られるはずのない外壁を突破したことで瞬く間に崩れ去り、人間を食らう怪物たちとの生存をかけた戦いが再燃する。
侵略するクリーチャーによって個人的な悲惨な喪失を目の当たりにした後、エレン・イェーガーは壁の保護の外で無慈悲な人型生物と戦うエリート軍事部隊である調査兵団に入隊し、彼らの駆除に人生を捧げる。エレン、養妹のミカサ・アッカーマン、幼なじみのアルミン・アルレルトは、巨人との過酷な戦いに参加し、最後の壁が破られる前に彼らを倒す方法を見つけるために奔走する。
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