セカンドインパクトと呼ばれる大災害から15年、世界は新たな脅威に直面していた。天界の怪物「使徒」が次々と東京-3を侵略する。人類は最新の兵器と軍事戦術を駆使しても使徒に立ち向かえない。人類救済の唯一の希望は、冷徹なゲンドウ・イカリが率いる謎の組織NERVの手にある。NERVは「エヴァンゲリオン」と呼ばれる巨大な人型ロボットを運用し、最新鋭の武器と「絶対恐怖領域」と呼ばれる防御障壁で使徒と戦う。父親に捨てられてから14年、ゲンドウの息子・碇シンジが東京-3に戻ってくる。シンジは母親を失った深いトラウマと父親からの精神的ネグレクトによる絶え間ない内面の戦いを経験する。他者に心を開くことを恐れるシンジの人生は、彼がかつて経験したことのない自由奔放な母性の優しさを示すNERV高級将校・葛城ミサト(29歳)との出会いによって永遠に変わる。壊滅的な使徒の攻撃によりシンジは行動を余儀なくされ、ゲンドウは息子を東京-3に呼び寄せた真の動機を明かす。