第四次忍界大戦の終結後、木ノ葉隠れの里は平和と繁栄、そして目覚ましい技術の進歩を享受していた。これは連合忍軍と里の七代目火影・うずまきナルトの尽力によるものだ。現代的な大都市へと変貌した木ノ葉隠れの里は、特に忍の生き方において変化を遂げた。ナルトと彼の旧友たちの見守る中、新世代の忍たちが忍の道を学ぶために立ち上がった。
うずまきボルトは七代目火影の息子として常に注目の的である。ナルトの騒々しく頑固な性格を受け継いではいるものの、ボルトは天才と見なされ、支えてくれる友人や家族の助けを借りてその潜在能力を発揮することができる。残念ながら、それは彼の傲慢さとナルトを超えたいという欲望を増長させ、父親の多忙な生活と相まって二人の関係は悪化している。しかし、里の中でうごめく邪悪な勢力がボルトの気ままな生活を脅かそうとしている。
新たな友人たちと懐かしい顔ぶれがボルトに加わり、新たな物語が始まる。
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