謎の大火で家族を失った士郎は、切嗣・エミヤに救われ養子となり、魔術と正義の道を教えられる。
切嗣の死から数年後、士郎が学校で掃除をしていると、サーヴァントと呼ばれる超人間同士の死闘に巻き込まれる。逃げようとするが、一人のサーヴァントに捕まり命に関わる傷を負う。奇跡的に生き延びるが、同じサーヴァントが仕留めに戻ってくる。絶望の中、士郎は自身のサーヴァント、セイバーという騎士を召喚する。二人は今、第五次聖杯戦争に参加しなければならない。それは七騎のサーヴァントと彼らを召喚した魔術師たちによるバトルロイヤルであり、優勝賞品は全能の聖杯そのものである。
Fate/stay nightは、英雄と殺し屋の狭間で苦闘する士郎の姿を描く。理想と厳しい現実が衝突する中、彼は義父のように英雄になれるのか、それとも死を選ぶのか?
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