人類は自由を奪う「巨人」に依然として脅かされ、残された二つの壁の中で檻のように暮らしている。これらの怪物を駆逐する努力は続いているが、脅威は壁の外の巨人だけでなく、内部の人間からも生じる。
超大型巨人と鎧の巨人から救出された後、エレン・イェーガーは自身の巨人化能力の向上に打ち込む。クリスタ・レンズは友の喪失を受け入れるのに苦しみ、リヴァイ兵長はエレンとその仲間たちを新たな私的部隊に選び、エルヴィン・スミス団長は負傷から回復する。兵士たちにとってすべてが順調に見えた矢先、政府が突然エレンとクリスタの身柄を要求する。調査兵団の最近の成功が注目を集め、リヴァイの過去から知る顔が指名手配された兵士たちを連行するために派遣される。政府に追われる中、リヴァイと新たな部隊はエレンとクリスタを守るため、敵をかわしながら進まねばならない。
エレンと仲間の兵士たちは、恐ろしい巨人との生存をかけた戦いだけでなく、はるかに狡猾な敵――人間同士の恐怖とも戦っている。
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