赤く塗られた「VON」の文字——それが日本の核施設を襲ったテロ事件の後に残されたものだった。政府は無力さに打ちのめされ、警察は犯人を追い詰める方法を必死に模索する。国民は何も知らされないまま、6か月後、奇妙な動画がインターネットに流れる。その中で、自らを「スフィンクス」と名乗る2人の少年が警察に直接挑戦し、東京中に破壊と混乱をもたらすと脅す。街中に急速に広がるパニックを止められず、捜査の手がかりを求めて焦る警察は、これらのテロリストに対して効果的な行動を取るのに苦戦する。柴崎健次郎刑事はその渦中に巻き込まれる。
残響のテロルは、スフィンクスの仮面の背後にいる2人の少年、ナインとトゥエルブの物語である。彼らは存在するはずのない存在だが、欺瞞と秘密に満ちた世界の中で力強く立ち、街を崩壊させながら、自らの悲劇的な真実を葬り去ろうとする。
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