使徒の脅威が増大する中、人類の防衛組織は限界に追い込まれ、NERVが最前線で戦っている。碇シンジとパートナーの綾波レイは、二人の新しいパイロット、熱血の式波・アスカ・ラングレーと謎めいた真希波・マリ・イラストリアスの助けを得る。機械化されたエヴァンゲリオン・ユニットの助けを借りて、怪物のような敵と戦うための完璧な武器を装備し、四人の若き魂は愛する者を守り、迫り来る黙示録を防ぐために必死に戦う。しかし、驚くべき秘密が明らかになったとき、英雄たちの最大の試練は怪物なのか…それとも人類そのものなのか?[MAL Rewrite による]