奇抜で自称マッドサイエンティストの岡部倫太郎は、かつての自分とは別人のようになっていた。友人である牧瀬紅莉栖を救うことに失敗し、落ち込みとトラウマに苛まれた彼は、マッドサイエンティストの別人格を捨て、普通の大学生として生きることを決意する。時間旅行の経験をほとんど知らない友人たちに囲まれ、岡部は自らの冒険の恐怖を忘れようと孤独に日々を過ごす。大学のテクノロジーフォーラムで受付として働いている中、岡部は背が低くて元気な比屋定真帆と出会う。彼女は後に、アレクシス・レスキネン教授が行うフォーラムのプレゼンテーションで通訳を務めていることが判明する。驚いた観客の前で、アレクシスと真帆はアマデウス(Amadeus)を披露する。それは、人の記憶を保存し、その人の性格や癖まで完璧にシミュレートできる革新的なAIである。プレゼンテーション後、真帆とアレクシスに会った岡部は、二人が紅莉栖の大学時代の同僚であり、彼女をアマデウスにシミュレートしていることを知る。アレクシスにシミュレーションの行動研究を依頼された岡部は、昔失った親愛なる友人の影と交流する機会を得る。過去に危険に絡め取られ、岡部は厳しい現実に立ち向かい、時間の自然な流れを乱したときに起こる破滅的な結果を慎重に回避しなければならない。