소중한 친구의 죽음 이후, 이카리 신지는 정서적으로 혼수상태에 빠진다. 아들이 정신적으로 인간형 로봇 에반게리온 유닛 01을 조종할 수 없게 되자, 이카리 겐도의 네르프는 그림자 조직 젤레와 누가 먼저 최종 계획을 실행할지 경쟁한다. 젤레는 자신의 영혼을 에반게리온에 융합시켜 신과 같은 존재를 창조하려 하고, 겐도는 모든 인류를 원시 존재로 되돌려 사망한 아내 유이와 재회하려 한다. 젤레는 군사력을 동원해 네르프 본부에 치명적인 침공을 감행한다. 젤레의 군대가 네르프의 과학자와 보안 요원을 학살하는 가운데, 소류 아스카 랭그레이는 에반게리온 유닛 02를 조종해 젤레의 최강 무기에 맞서 필사적인 최후의 저항을 펼친다. 전투는 계속되고, 우울한 신지는 네르프 본부 깊숙이 숨는다. 세계의 운명이 신지의 손에 달린 가운데, 카츠라기 미사토 대위는 사회가 무너지는 가운데 소년을 찾아 나선다.