2006년, 도쿄도립 주술고등전문학교에는 떨어질 수 없는 절친인 두 사람의 끝없는 말다툼과 격렬한 토론이 울려 퍼진다. 흔들리지 않는 자신감을 뿜어내는 고죠 사토루와 게토 스구루는 젊고 강력한 특급 주술사인 자신들에게 너무 큰 도전은 없다고 믿는다. 그들은 이성을 가진 소녀 아마나이 리코를 주술 세계의 본질 그 자체인 존재에게 안전하게 인도하는 임무를 맡는다. 그러나 그 임무는 그들을 지치게 만드는 도덕적 갈등의 소용돌이에 빠뜨리고, 이는 이미 희미한 주술사와 일반인 사이의 우정을 파괴할 위협이 된다.
12년 후, 학생들과 주술사들은 인간의 부정적인 감정에서 태어난 고위급 저주의 증가에 맞서는 최전선 방어선이 된다. 존재들이 힘을 얻으면서 자의식과 야망도 커진다. 저주들은 인간을 말살하고 저주 에너지 사용자만의 세계를 창조한다는 공동 목표로 단결하며, 위험하고 고대의 저주 정령이 이끈다. 그들은 가장 강력한 주술사인 고죠를 제거하기 위해 할로윈 날 시부야 역에서 공격을 계획한다. 팀을 나누어 주술사들은 무고한 사람들과 자신들의 동족을 보호하기 위해 모든 것을 걸고 싸움에 뛰어든다.