엘리트 중학교인 구니우가오카 중학교 근처 산 속에 자리 잡은 작고 낡은 건물에는 3학년 E반의 문제아와 낙오자들이 모여 있다. 동급생들에게 무시당하는 이 반 학생들은 학업에서 진전을 기대하기 어려워 보인다. 그러던 어느 날, 국가 정부가 그들에게 지구 최대의 위협을 제거하는 임무를 맡긴다. 바로 그들의 새 선생님이다. 이미 달을 파괴한 문어 모양의 교수—'코로센세'라 불리는 그는 이듬해 3월까지 지구를 파괴하겠다고 위협한다. 임무를 알게 된 학생들은 그를 죽이는 것이 말처럼 쉽지 않다는 것을 깨닫는다. 코로센세는 마하 20의 속도로 움직일 수 있을 뿐 아니라 거의 모든 지구의 무기를 견뎌낸다. 아이러니하게도 그는 3-E반이 가진 최고의 선생님 중 한 명임을 증명한다. 학생들의 학업과 암살기술을 모두 향상시키며 훈련시키는 코로센세는 자신의 학생들이 독창성과 불굴의 의지로 본교로 돌아갈 수 있을 것이라 확신한다. 시행착오를 겪으며 시오타 나기사와 3-E반의 다른 학생들은 코로센세의 약점을 찾아내야 한다—그리고 빨리, 세상의 운명이 그에 달려 있으므로.