에드워드 엘릭은 어리고 뛰어난 연금술사로, 그의 12년의 삶에서 많은 것을 잃었다: 그와 그의 형제 알폰스가 금지된 인간 변환을 통해 죽은 어머니를 되살리려 할 때, 에드워드는 형제와 두 팔다리를 잃었다. 그의 최고의 연금술 실력으로, 에드워드는 알폰스의 영혼을 큰 갑옷에 묶어 넣는다.
1년 후, 에드워드는 국가 연금술사(강철의 연금술사)로 승진하여, 동생과 함께 현자의 돌을 얻기 위한 여정에 나선다. 전설적인 신화적 물체는 연금술사의 능력을 비약적으로 증폭시켜, 연금술의 기본 법칙인 '무언가를 얻으려면 동등한 가치를 희생해야 한다'는 것을 무시할 수 있다고 소문나 있다. 에드워드는 군대의 자원을 활용하여 전설의 돌을 찾고 자신과 알폰스의 몸을 정상으로 되돌리기를 희망한다. 그러나 엘릭 형제는 곧 전설의 돌이 보이는 것 이상의 의미를 지니고 있음을 발견하며, 그들이 상상했던 것보다 훨씬 더 어두운 전쟁의 진원지로 이끌린다.
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