제2차 충격이라고 알려진 대재앙 이후 15년, 세계는 새로운 위협에 직면한다: 천상의 괴수 '사도'가 도쿄-3를 하나씩 침략한다. 인류는 최첨단 무기와 군사 전술을 동원해도 사도에 맞서지 못한다. 인류 구원의 유일한 희망은 차가운 겐도 이카리가 이끄는 수수께끼의 조직 NERV에 달려 있다. NERV는 '에반게리온'이라 불리는 거대 인간형 로봇을 운용하여 첨단 무기와 '절대 영역'이라 불리는 보호 장벽으로 사도와 싸운다. 아버지에게 버림받은 지 14년, 겐도의 아들 이카리 신지가 도쿄-3로 돌아온다. 신지는 어머니를 잃은 깊은 트라우마와 아버지에게 받은 정서적 방치로 인해 끊임없이 내면의 싸움을 겪는다. 타인에게 마음을 여는 것을 두려워하는 신지의 인생은 그가 한 번도 경험해보지 못한 자유로운 모성애를 보여주는 NERV 고위 장교 29세 카츠라기 미사토를 만나면서 영원히 바뀐다. 파괴적인 사도의 공격으로 신지는 행동에 나서게 되고, 겐도는 아들을 도쿄-3로 부른 진짜 의도를 밝힌다.