Синдзи Икари впадает в эмоциональную кому после смерти близкого друга. Поскольку его сын психически неспособен пилотировать человекоподобного робота Евангелион Юнит-01, NERV Гэндо Икари мчится наперегонки с теневой организацией SEELE, чтобы первой воплотить свой план. SEELE стремится создать богоподобное существо, слив свои души с Евангелионом, в то время как Гэндо хочет превратить всё человечество в единое первозданное существо, чтобы воссоединиться с покойной женой Юи. SEELE развязывает военную силу в смертоносном вторжении в штаб-квартиру NERV. Пока силы SEELE уничтожают учёных и сотрудников безопасности NERV, Аска Лэнгли Сорью пилотирует Евангелион Юнит-02 в отчаянной последней битве против тяжелейшего вооружения SEELE. Битва продолжается, и подавленный Синдзи прячется глубоко внутри штаб-квартиры NERV. Судьба мира в руках Синдзи, и капитан Мисато Кацураги ищет подростка, пока общество рушится вокруг них.