Несмотря на поражение Квинеллы — понтифика Аксиомской церкви, ситуация, похоже, не успокоилась. Связавшись с реальным миром, Кадзуто «Кирито» Киригая обнаруживает, что Океанская Черепаха — мега-платформа, управляемая Rath, — подверглась нападению. Из-за внезапного короткого замыкания, вызванного налётчиками, флюктлайт Кирито повреждён, оставляя его в коме. Чувствуя неуверенность в людях из Аксиомской церкви, Алиса приносит бессознательного Кирито обратно в их родную деревню — Рулид, игнорируя своё изгнание из-за непрощённого преступления. Теперь Алиса живёт обычной и мирной жизнью рядом с деревней, желая, чтобы Кирито очнулся.
Однако трагедия случается, когда Алиса замечает, что Тёмная Территория уже начала вторжение в Империю Людей. Принимая свой прежний псевдоним — Алиса Синтез Тридцатая, она обещает победить Тёмную Территорию, чтобы защитить мир, который Кирито и Юдзио так старались защитить.
[Написано MAL Rewrite]