Спустя пятнадцать лет после катастрофического события, известного как Второй удар, мир сталкивается с новой угрозой: чудовищные небесные существа, называемые Ангелами, один за другим вторгаются в Токио-3. Человечество не в состоянии защитить себя от Ангелов, несмотря на использование самого современного оружия и военной тактики. Единственная надежда на спасение человечества лежит на NERV, таинственной организации, возглавляемой холодным Гендо Икари. NERV управляет гигантскими человекоподобными роботами, названными «Евангелионами», чтобы сражаться с Ангелами, используя передовое вооружение и защитные барьеры, известные как Поля абсолютного террора.
Спустя годы после того, как его бросил отец, 14-летний Синдзи Икари, сын Гендо, возвращается в Токио-3. Синдзи ведет постоянную внутреннюю борьбу с глубоко похороненной травмой, вызванной потерей матери и эмоциональным пренебрежением со стороны отца. Боясь открыться другому, жизнь Синдзи навсегда меняется, когда он встречает 29-летнюю Мисато Кацураги, высокопоставленного офицера NERV, которая проявляет к нему свободную материнскую доброту, которой он никогда не испытывал.
Разрушительная атака Ангела вынуждает Синдзи действовать, когда Гендо раскрывает свою истинную мотивацию для приглашения сына обратно.