Эксцентричный, самопровозглашенный безумный ученый Ринтаро Окабэ стал тенью самого себя. Подавленный и травмированный после неудачной попытки спасти свою подругу Макисэ Курису, он решил отказаться от своего альтер-эго безумного ученого и жить как обычный студент колледжа. Окруженный друзьями, которые мало знают о его путешествиях во времени, Окабэ проводит дни, пытаясь в одиночестве забыть ужасы своих приключений.
Работая администратором на университетском технологическом форуме, Окабэ встречает невысокую и бойкую Махо Хиядзё, которая позже оказывается переводчиком на презентации форума, проводимой профессором Алексисом Лескиненом. Перед ошеломленной толпой Алексис и Махо представляют Amadeus — революционный ИИ, способный хранить воспоминания человека и создавать его идеальную симуляцию, включая личность и причуды. После презентации, встретившись с Махо и Алексисом, Окабэ узнает, что они были коллегами Курису в университете и что они смоделировали ее в Amadeus. Нанятый Алексисом для исследования поведения симуляции, Окабэ получает возможность взаимодействовать с тенью давно потерянного дорогого друга. Опасно запутавшись в прошлом, Окабэ должен столкнуться с суровой реальностью и осторожно маневрировать среди катастрофических последствий, которые влечет за собой нарушение естественного течения времени. [Написано MAL Rewrite]