Shinji Ikari fica emocionalmente em coma após a morte de um querido amigo. Com seu filho mentalmente incapaz de pilotar o robô humanóide Evangelion Unidade-01, Gendou Ikari da NERV corre contra a organização sombra SEELE para ver quem pode realizar seu plano final primeiro. SEELE deseja criar um ser divino fundindo suas almas em uma unidade Evangelion, enquanto Gendou deseja reverter toda a humanidade em um ser primordial para se reunir com Yui, sua esposa falecida. SEELE desencadeia suas forças militares em uma invasão letal da sede da NERV. Enquanto as forças da SEELE derrubam os cientistas e o pessoal de segurança da NERV, Asuka Langley Souryuu pilota a Evangelion Unidade-02 em uma última resistência desesperada contra o armamento mais pesado da SEELE. A batalha continua, e um Shinji deprimido se esconde nas profundezas da sede da NERV. Com o destino do mundo nas mãos de Shinji, a capitã Misato Katsuragi procura o adolescente enquanto a sociedade desmorona ao seu redor. [Escrito por MAL Rewrite]