O Dr. Kenzou Tenma, um neurocirurgião de elite recentemente noivo da filha do diretor do hospital, está a caminho de ascender na hierarquia do hospital. Até que uma noite, um evento aparentemente pequeno muda a vida do Dr. Tenma para sempre. Enquanto se prepara para realizar uma cirurgia em alguém, ele recebe uma ligação do diretor do hospital dizendo para trocar de paciente e, em vez disso, realizar uma cirurgia cerebral que salve a vida de um famoso artista. Seus colegas médicos, noiva e o diretor do hospital aplaudem sua realização; mas por causa da troca, um pobre trabalhador imigrante morre, causando uma crise de consciência no Dr. Tenma.
Então, quando uma situação similar surge, o Dr. Tenma mantém sua posição e escolhe operar o jovem Johan Liebert em vez do prefeito da cidade. Infelizmente, essa escolha leva a sérias ramificações para o Dr. Tenma — perder seu status social sendo uma delas. No entanto, com a morte misteriosa do diretor e de outros dois médicos, a posição do Dr. Tenma é restaurada. Sem evidências para condená-lo, ele é libertado e chega a assumir o cargo de diretor do hospital.
Nove anos depois, quando o Dr. Tenma salva a vida de um criminoso, seu passado volta para assombrá-lo—