Um ano se passou desde a Rebelião Negra, uma revolta fracassada contra o Sagrado Império Britanniano liderada pelo vigilante mascarado Zero, que agora está desaparecido. Sem seu líder revolucionário, o grupo de resistência da Área 11—os Cavaleiros Negros—se veem impotentes para combater a brutalidade infligida aos Onze pela Britannia, que aumentou significativamente para esmagar qualquer esperança de uma futura revolta.
Lelouch Lamperouge, tendo perdido toda memória de sua vida dupla, vive pacificamente com seus amigos como um estudante do ensino médio na Academia Ashford. Sua ex-parceira C.C., incapaz de aceitar esta situação, assume a tarefa de lembrá-lo de seu propósito passado, esperando que o mentor Zero se levante novamente para terminar o que começou.
[Escrito por MAL Rewrite]