Nos últimos três anos, a escola de ensino fundamental Teikou dominou o cenário nacional de basquete com sua escalação lendária: a "Geração dos Milagres". Consistia em cinco prodígios que se destacavam no esporte, mas um "Sexto Homem Fantasma" espreitava nas sombras e ajudou a equipe a conquistar seu status reverenciado. Eventualmente, seu crescimento monstruoso os tornou indiferentes ao esporte que amavam e os fez seguir caminhos separados no ensino médio.
Em busca de novos membros, o time de basquete da escola Seirin recruta Taiga Kagami e Tetsuya Kuroko, dois calouros que parecem ter diferenças significativas em habilidades. Tendo retornado recentemente dos Estados Unidos, Kagami possui tanto uma aptidão natural quanto um amor implacável pelo esporte. Enquanto isso, Kuroko não tem presença e não exibe nenhum talento atlético excepcional. No entanto, mais tarde é revelado que ele é o Sexto Homem Fantasma de Teikou—o jogador que já fez parte da Geração dos Milagres.
Kuroko quer provar para o time de Seirin que ele é forte à sua maneira. Vendo sua convicção, Kagami forma uma parceria dinâmica com Kuroko, que promete apoiar a "luz" de Kagami como sua "sombra". Junto com seus novos companheiros de Seirin, eles pretendem conquistar o próximo campeonato Interhigh, mas o reaparecimento dos ex-colegas de Kuroko complica seu plano.