Um ano e meio após os eventos do thriller psicológico de ficção científica original, Akane Tsunemori continua seu trabalho como inspetora, aplicando os julgamentos do Sistema Sibyl. Junta-se a ela novos executores e a inspetora júnior Mika Shimotsuki, uma jovem cega e inflexivelmente leal a Sibyl. Enquanto Akane pondera sobre a natureza de seu trabalho e a legitimidade dos veredictos de Sibyl, uma nova ameaça perturbadora emerge. Uma figura misteriosa descobriu uma maneira de controlar o Coeficiente de Crime—um número compilado a partir de escaneamentos mentais que permite a Sibyl avaliar a saúde psicológica e identificar criminosos em potencial. Através desses meios, ele é capaz de assassinar um executor, deixando uma pista enigmática: "WC?" rabiscado em sangue na parede. Akane e o resto da Divisão 01 logo se veem em um jogo mortal contra seu novo inimigo, enfrentando uma conspiração que ameaça não apenas a autoridade do Sistema Sibyl, mas a própria base das convicções de Akane. [Escrito por MAL Rewrite]