Após um horrível experimento de alquimia dar errado na casa Elric, os irmãos Edward e Alphonse se veem em uma nova realidade catastrófica. Ignorando o princípio alquímico que proíbe a transmutação humana, os garotos tentaram trazer sua falecida mãe de volta à vida. Em vez disso, sofreram uma perda pessoal brutal: o corpo de Alphonse se desintegrou enquanto Edward perdeu uma perna e depois sacrificou um braço para manter a alma de Alphonse no reino físico, prendendo-a a uma enorme armadura.
Os irmãos são resgatados por sua vizinha Pinako Rockbell e sua neta Winry. Conhecida como uma prodígio da engenharia biomecânica, Winry cria próteses para Edward usando "automail", um metal resistente e versátil usado em robôs e armaduras de combate. Após anos de treinamento, os irmãos Elric partem em uma busca para restaurar seus corpos localizando a Pedra Filosofal — uma gema poderosa que permite a um alquimista desafiar as leis tradicionais da Troca Equivalente.
À medida que Edward se torna um alquimista infame e ganha o apelido de "Fullmetal", a jornada dos garotos os envolve em uma conspiração crescente que ameaça o destino do mundo.
[Escrito por MAL Rewrite]