Depois de um ano na América, Kurisu Makise retorna a Akihabara e se reúne com Rintarou Okabe. No entanto, o reencontro é interrompido quando Okabe começa a experimentar flashes recorrentes de outras linhas do tempo à medida que as consequências de suas viagens no tempo começam a se manifestar. Esses efeitos colaterais culminam no súbito desaparecimento de Okabe do mundo, e apenas a surpresa Kurisu tem memória de sua existência. Em meio ao desespero, Kurisu enfrenta uma escolha verdadeiramente árdua que testará tanto seu dever como cientista quanto sua lealdade como amiga: seguir o conselho de Okabe e ficar longe de viajar no tempo para evitar as consequências potenciais nas linhas mundiais, ou ignorá-lo para resgatar a pessoa que mais preza. Independentemente de sua decisão, o caminho que ela escolher afetará o passado, o presente e o futuro. [Escrito por MAL Rewrite]