Em um mundo pós-apocalíptico, o último assentamento humano no Japão é a cidade fortemente fortificada de Tóquio-3. Shinji Ikari, de quatorze anos, é levado ao quartel-general da NERV, uma organização subterrânea liderada por seu pai distante, Gendou. Ele pede que Shinji se torne um piloto de um "Evangelion", um androide colossal construído para lutar contra criaturas alienígenas monstruosas e destrutivas conhecidas como "Anjos" que causam estragos no planeta e ameaçam a sobrevivência da raça humana restante.
Embora inicialmente relutante, Shinji é influenciado pela ideia de se reconciliar com seu pai e concorda em ajudar na empreitada perigosa da humanidade contra sua ameaça alienígena, como piloto da Unidade Evangelion-01. Lançado no meio de um campo de batalha perigoso, Shinji deve encontrar a coragem e a determinação necessárias para enfrentar as incursões dos Anjos antes que seja tarde demais.
[Escrito por MAL Rewrite]