Lucy é uma raça especial de humanos chamada Diclonius, nascida com um par de chifres curtos e mãos telecinéticas invisíveis, o que a torna vítima de experimentos científicos desumanos pelo governo. No entanto, quando as circunstâncias lhe oferecem uma oportunidade de escapar, Lucy, corrompida pelo confinamento e tortura, desencadeia um torrente de sangue ao fugir de seus captores.
Durante sua fuga, ela sofre uma lesão na cabeça que lhe causa uma personalidade dividida: alguém com a mentalidade de uma criança inofensiva com capacidade limitada de fala. Nesse estado de instabilidade, ela encontra dois universitários, Kouta e sua prima Yuka, que sem saber acolhem uma fugitiva ferida, ignorando suas tendências assassinas. Es