Em 24 de dezembro de 2029 – o dia conhecido coloquialmente como "Natal Perdido" – o Vírus do Apocalipse se espalhou pelo Japão, causando a morte de seus cidadãos e mergulhando o país em completo caos. Em um esforço para estabelecer ordem, as Nações Unidas enviam a GHQ para auxiliar na crise, contendo o surto enquanto removem toda autonomia política. Uma década depois, o país ainda vive sob seu controle, incapaz de se libertar de seu regime draconiano.
Frustrado com o estado da nação, um grupo de resistência chamado Funerária busca libertar o Japão da GHQ. Liderado pelo carismático Gai Tsutsugami, o grupo planeja roubar um frasco contendo o "Genoma do Vazio" para promover seus objetivos. O frasco cai nas mãos da vocalista da internet Inori Yuzuriha, que acaba sendo caçada pelas forças de Anticorpos da GHQ. Sem ter para onde ir, ela busca refúgio em um armazém onde conhece Shuu Ouma – um estudante do ensino médio socialmente desajeitado que é um grande fã de sua música.
Shuu é arrastado para o conflito no momento em que resgata Inori, e o Genoma do Vazio se quebra em sua mão, concedendo-lhe o "Poder dos Reis". Enquanto aprende a controlar sua nova e grandiosa habilidade, Shuu deve...